Métodos escalables y aceleradores para el alineamiento de secuencias

Diseño y desarrollo de nuevos algoritmos de alineamiento por pares y aceleradores de hardware que reducen el tiempo de ejecución y el consumo de memoria.

Institución:

Institution

Grupo de investigación:

High Performance Computing Applications for Science and Engineering (HPCA4SE)

Investigador/es:

Juan Carlos Moure, Santiago Marco, Antonio Espinosa

Métodos escalables y aceleradores para el alineamiento de secuencias

Descripción:

Diseño y desarrollo de nuevos algoritmos de alineamiento por pares y aceleradores de hardware que reducen el tiempo de ejecución y el consumo de memoria.

Problema:

Los avances recientes en genómica y en tecnologías de secuenciación exigen algoritmos más rápidos y escalables capaces de manejar la creciente longitud de las secuencias. Los algoritmos clásicos de alineamiento por pares, basados en programación dinámica, están fuertemente limitados por requisitos cuadráticos en tiempo y memoria. A medida que mejoran las tecnologías de secuenciación y disminuye el coste del ensamblaje de secuencias de alta calidad, se prevé que la importancia de los algoritmos de alineamiento por pares seguirá creciendo.

Solución:

Algoritmos de alineamiento escalables de alto rendimiento y aceleradores de hardware.

Áreas de aplicación:

Ciencias de la vida, aceleradores de hardware, RISC-V

Mercado objetivo:

Aplicaciones en ciencias de la vida

Keywords:

biología, ciencias de la vida, alineamiento de secuencias, aceleradores de hardware

TRL: N/A

CRL: N/A

BRL: N/A

IPRL: N/A

TmRL: N/A

FRL: N/A

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